چالش نظام مالیاتی کشور، چالش نظام داده ای یا بانک اطلاعات است. با توجه به سرعتی که ثبت و ضبط داده ها و اطلاعات در زمینه های متعدد دارند، استفاده از این داده ها برای شناسایی و تعیین مالیات به‌روز نیست. لذا به دلیل فقدان هوشمندسازی کاربرد داده ها، استفاده از داده های موجود به یک چالش تبدیل شده است.
قوانین ما مترقی و در سطح کشورهای پیشرفته نوشته می‌شوند. اما به مرحله اجرا که می‌رسند به دلیل ضعف در نظام داده ای، و با وجود هزینه‌کرد بسیار، هیچ وصولی صورت نمی‌گیرد. وقتی وصولی نتواند تکافوی هزینه های انجام‌شده برای همان پروژه را انجام دهد، خودبخود از اولویت و اجرا خارج می‌شوند.
مصوباتی درخصوص بحث مناطق آزاد، خانه های خالی و خانه های لوکس مطرح شده است. اما در اجرای آن موفق عمل نشده است. عمده‌ترین چالش را عدم شفافیت تعاملات مالی در اقتصاد ایران می‌دانم. در حال حاضر در بخش هایی با تبعیض‌آمیز بودن نظام مالیاتی مواجه هستیم. به این معنی که مالیات هایی که نیازمند آن پایگاه داده نیستند و به نوعی سهل‌الوصول محسوب می‌شوند، (مالیات حقوق کارگران وکارمندان ،واحد های تولیدی وصنفی با نظارت سازمان بورس و..)اخذ می‌کنید اما آن‌هایی که مبتنی بر داده هستند مثل عایدی افراد مختلف همچون سرمایه داران از سرمایه گذاری های متعدد، در بخش ساختمان و.. مالیات اخذ نمی‌کنید.
دیدگاه نظام مالیات ستانی، چالشی است که این سازمان یک سازمان درآمدی دیده شده است. اما برخی قوانین که در این حیطه وضع می‌شوند کارکرد تنظیمی دارند. عایدی سرمایه، مالیات خانه های خالی و خودروهای لوکس، ماهیت تنظیمی دارند. یعنی گذاشته می‌شوند که مالیات آن ستانده نشود و تغییر رفتار در اقتصاد ایجاد کنند و سازمان مایل به اجرای آن نیست. چراکه هزینه ممیزی کردن آن بیش از عایدی سازمان از آن است. بنابراین ماهیت این قانون نباید منجر به درآمد شود. پس نتیجه اینکه سازمان امورمالیاتی، سازمانی درآمدی است، یعنی باید درآمدها را از واحدهای تولیدی، صنفی و افرادی که مشغول کسب درآمد در داخل کشور هستند، اخذ کند.
ما برای کنترل اقتصاد و سیاستگذاری در اقتصاد کلان دو نوع سیاست داریم: سیاست های پولی و سیاست های مالی. در کشور ما عموم پدیده ها مثل تورم و تکانه های اقتصادی مثل تکان خوردن نرخ ارز را با سیاست پولی تحلیل می‌کنند. و بر همین اساس نیز راهکارهایی که ارائه می‌شوند نیز مبتنی بر سیاست های پولی هستند، مثل بالا بردن نرخ سود بانکی، اوراق قرضه و غیره. و اساسا چون سیاست مالی فاقد نهاد متولی در کشور است، این بخش از اقتصاد را نمی‌بینیم. در صورتی که متولی سیاست های مالی در همه جای دنیا سازمان های امور مالیاتی هستند.
زمان دادرسی ما حدود ۲۵۰ تا ۲۹۰ روز است؛ که منجر به معوقات مالیاتی می‌شود. حدود نود درصد درآمدهای مالیاتی از طریق دادرسی بررسی واخذ وده درصد بر اساس تائید اظهار نامه مودی هاست.
علت عدم وصول مالیات از خانه های خالی، عدم هماهنگی بین وزارت مسکن و شهرسازی و سازمان امور مالیاتی است.مردم نگران افزایش بی‌رویه اجاره و قیمت مسکن هستن وصاحبان املاک منتظر افزایش قیمت اجاره وقیمت مسکن چون بارمالیاتی را احساس نمی کنند. لذا پیشنهاد منطقی اعمال نظارت‌های فنی در فرآیند رسیدگی و وصول مالیات برپایه فناوری و حذف برخورد سلیقه‌ای و بکارگیری شیوه‌های نوین شناسائی فرار مالیاتی میباشد. با توجه به وظایف نظارتی و تقنینی مجلس شورای اسلامی در شرائط جنگ اقتصادی و کاهش قدرت خرید مردم بروز رسانی دانش مالیاتی و افزایش تسلط علمی ممیزین بر رخدادهای جدید قوانین سامانه مودیان و پایانه فروشگاهی، با آموزش های کارگاهی ضمن خدمت و همچنین ارتقاء سطح حقوق و دستمزد پرسنل منطبق با اثربخشی در سازمان مالیاتی مورد نیاز میباشد.